Quelques hangars érigés à la hâte en bordure de la Crau témoignent, en 1917, de la naissance de l'école d'aviation d'Istres. En mai de la même année, de nombreux élèves pilotes vont y recevoir une rapide formation sur Caudron G3. Ce sera le cas de Mermoz, breveté en 1921. Les avions (Bréguet, Nieuport,...) nécessitent la construction d'une piste en ciment de 1500 m qui est achevée en 1930.
La tension internationale entraîne jusqu'en 1939 le bouleversement de l'organisation de l'école. La formation au bombardement et à la reconnaissance impose l'accueil de plus de 700 élèves. Prévue pour 300, le personnel et le matériel sont insuffisants. Le 15 ami 1940, l'école se replie en Algérie. Le 4 juin, Istres devient base opérationnelle et ce qui reste des Forces aériennes françaises s'y retrouve. La base subit plusieurs bombardements dont le plus sévère en 1943 détruit une grande partie des bâtiments. Il faudra attendre 1944 pour voir les Américains prendre le contrôle de la base, et 1947 pour que l'aviation française de réinstalle définitivement.
Après la guerre, l'armée de l'air se reconstitue lentement. Fin 1949, les effectifs de la base sont maigres et les activités réduites aux avions de passage. L'installation du centre d'essais en vol dès 1950 entraîne la création d'un contrôle local, suivie d'une station radar intérimaire. Mais avec la dissolution de la section aérienne de sauvetage en mer, l'activité aérienne militaire se trouve à nouveau réduite à celle d'escale. Activité qui prend une place considérable à partir de 1954, avec les guerres d'Indochine puis d'Algérie. Il faudra attendre 1962 pour voir stationner un détachement de la 23ème escadre d'hélicoptères à Istres.
La véritable réactiviation de la base d'Istres coïncide avec la création, le 1er août 1963, de la 93ème escadre de ravitaillement en vol (ERV) dotée de Boeing C 135F destinés à ravitailler en plein ciel les avions de bombardement des forces aériennes stratégiques.
En 1977, la BA125 fut la première base à être dotée d'un escadron de missiles sol-air Crotale. En 1980, elle accueille enfin une unité de la Force aérienne tactique. L'escadron de chasse 04.007 " Limousin " équipé d'avions Jaguar s'installe à Istres. Dissous en août 1989 et rem^lacé par l'escadron de chasse 03.0004 "Limousin ", les Mirage 2000N confèrent une dimension supplémentaire à la base d'Istres, désormais pièce essentielle du système de défense français.
En 1993, c'est la dissolution de la 93ème ERV suivie d e la création de deux escadrons autonomes Aunis et Landes. 1996 : dissolution des deux escadrons. Création de l'escadron de ravitaillement en vol 00.093 " Bretagne ".
En juillet 2001, arrivée de l'escadron d'hélicoptères 05.067 " Alpilles " qui assure une mission de service public regroupant des opérations de sécurité, de sauvetage, de transport et de convoyage.