Les difficultés budgétaires sont actuellement l'un des thèmes politiques majeurs à Berlin.

La ville a reçu entre 1995 et 1999 762,6 millions de DM au titre de ses nouvelles compétences fédérales.

Malgré la recherche d'économies significatives, Berlin demeure l'un des Länder allemands les plus endettés avec la Sarre et Brême. Le déficit de la ville ne devrait pas dépasser 3,8 milliards de DM en 2000 (10,8 milliards en 1998). La réduction du déficit n'a été possible que par la vente d'actifs et un vaste mouvement de privatisation.

Berlin doit faire face à la réduction des aides fédérales depuis la réunification ainsi qu'aux coûts générés par la "duplication" d'établissements aux missions proches dans les deux parties de la ville (notamment dans le domaine culturel). En outre, l'importance de l'effectif salarié par le Land de Berlin, nettement supérieur à celui de Länder disposant d'une population équivalente, contribue au niveau élevé des dépenses engagées par la ville.

Des discussions sont néanmoins en cours entre Berlin et le gouvernement fédéral sur le nouveau statut de la capitale. Le financement des forces de police pour la sécurité publique de la capitale ou de structures culturelles adaptées au rôle de la ville restent par exemple des points capitaux dans les négociations.